У этого термина существуют и другие значения, см. Инквизиция (значения).
Святая инквизиция — общее название ряда учреждений Римско-католической церкви для борьбы с ересью.

Раннее христианство и христианская церковь страдала как от внешнего врага — римских императоров, так и от внутренних раздоров, опиравшихся на теологические разногласия: различные толкования священных текстов, на признании или непризнании отдельных текстов священными и так далее.

Отражением одной из стадий внутренней борьбы был, видимо, «Иерусалимский собор», упоминаемый в главе 15 Деяний святых апостолов, а также множество случаев, когда апостол Павел защищал собственное апостольское служение, убеждал христиан опасаться ложных пастырей или чего-либо противоречащего тому, что проповедовал он. Аналогичные призывы содержатся в посланиях Иоанна и в Послании к Иудеям, а также в Откровении Иоанна Богослова.

Начиная со второго века христианские авторитеты (епископы и местные синоды), пользуясь вышеприведёнными источниками, обличали некоторых богословов как еретиков, и определяли доктрину христианства более ясно, стараясь избежать ошибок и разночтений. В связи с этим православию (греч. ὀρθοδοξία, правильная точка зрения) стали противопоставлять ересь (греч. αἵρεσις, выбор, подразумевается, что ошибочный).

Особый церковный суд католической церкви под названием «Инквизиция» был создан в 1215 году папой Иннокентием III (см. Григулевич И. Р., История инквизиции, М., 1970). В 1908 году переименована в «Конгрегацию по делам вероучения» (Sacra congregatio Romanae et universalis Inquisitionis seu Sancti Officii). Работа этого учреждения строилась в строгом соответствии с действующим тогда в католических странах законодательством.

Основные исторические этапы
Хронологически историю инквизиции можно подразделить на три этапа 1) додоминиканский (преследования еретиков до XII в.) 2) доминиканский (со времени Тулузского собора 1229 г.) 3) испанская инквизиция. В 1-м периоде суд над еретиками составлял часть функций епископской власти, а преследование их имело временный и случайный характер; во 2-м создаются постоянные инквизиционные трибуналы, находящиеся в специальном ведении доминиканских монахов; в З-м инквизиционная система тесно связывается с интересами монархической централизации в Испании и притязаниями ее государей на политическую и религиозную супрематию в Европе, сперва служа орудием борьбы против мавров и евреев, а потом, вместе с Иезуитским орденом, являясь боевою силою католической реакции XVI в. против протестантизма.